Glavni čimbenici koji utječu na mikroekološku ravnotežu mogu se sažeti kao tri aspekta okoliša, domaćina i mikroba.
Zagađenje zraka, klimatske promjene, propadanje vode za hranu i pitku vodu, zagađenje i drugi vanjski čimbenici mogu dovesti do disfunkcije domaćina i metaboličkih poremećaja, što utječe na mutaciju mikrobne flore i statusa kolonizacije. Kao što je smanjena temperatura okoline, može smanjiti crijevne bifidobakterije.
Imunološka funkcija domaćina važan je čimbenik u odupiranju invazivnom napadu i poboljšanju sposobnosti obrane domaćina, a također je važan sustav za uklanjanje endotoksina, što smanjuje neravnotežu mikroba kada je imunosupresivna i imunosupresivna. Fiziološka funkcija domaćina, poput izlučivanja želučane kiseline, izlučivanja žuči, abnormalnih pokreta crijeva, također dovodi do mikro-ekoloških poremećaja.
Antibiotici su važan čimbenik u uzroku neravnoteže flore, ozbiljnim oštećenjima ekološke ravnoteže, što dovodi do gubitka barijere flore domaćina, gubitka biološkog antagonizma, endogenih patogena i reprodukcije mase egzogenih patogena.
